El Hospital Padre Hurtado ha definido la siguiente estructura organizacional:

–Director y unidades de su dependencia: Unidad de Auditoría, Unidad Jurídica, Oficina de Partes, Unidad de Comunicaciones y RRPP, Unidad de Calidad y Seguridad del Paciente, Unidad de Gestión de Camas, Unidad de Atención Integral del Usuario, Participación Social y OIRS; Unidad de Gestión y Desarrollo (Estadísticas, Control de Gestión, GES, Análisis Clínico GRD), Unidad de Relación Docente Asistencial y Unidad de Desarrollo, Investigación y Tecnología.

-Subdirección Médica, de quien dependen los Centros de Responsabilidad y unidades: CR Mujer, CR Niño, CR Adulto, CR Atención Ambulatoria, CR Pabellones, Anatomía Patológica, Imagenología, Laboratorio y Unidad de Medicina Transfusional, Endoscopía, Hospitalización Domiciliaria.

–Subdirección de Gestión y Desarrollo de las Personas, con unidades a cargo de: Dpto. de Desarrollo de las Personas, Dpto. de Gestión y Registro de las Personas, Dpto. de Compensaciones de las Personas, Unidad de Calidad de Vida Laboral, Control de Gestión, Unidad de Salud Ocupacional y Gestión Ambiental y Desarrollo Organizacional.

Subdirección Administrativa, con la siguientes dependencias: Informática, Ingeniería y Operaciones (Equipos Médicos, Movilización y Mantención y Talleres), Convenios, Farmacia Servicio de Atención al Paciente (SAP), Alimentación, Gestión Financiera (Contabilidad, Tesorería y Recaudación) y Abastecimiento.